700년 전, 이스의 두 여신이 셀세타에서 에스테리아 섬으로 건너와서
이스를 세웠을 당시, 클레리아에서 정제해낸 마가 모여
마물들이 생겨나던 때의 이야기를 다루고 있습니다

신관 토바의 제자 유니카와(배틀액스를 무기로 쓰는 고속 접근전 캐릭터)
신관 팍트의 제자 유고(팍트의 눈에서 발사되는 마탄을 무기로 한 저속 원격 마도사 캐릭터)
두 사람 가운데 한 사람을 골라서 이야기를 진행할 수 있고
캐릭터에 따라서 각기 진행순서가 달라집니다

이 이야기는 어디까지나 700년 전 "이스"의 이야기이므로
"아돌"은 등장하지 않습니다
(견습 기사인 소녀 유니카←토바, 천재 마도사 유고←팍트 두 사람 가운데 선택)

(발매된지 1년이 다되가는데도 미처 써둔 게 없다보니 아래는 펌..)
이스 오리진의 오프닝은 평화로운 마법왕국 이스에 갑자기 마물들이 나타나 침공을 하는 장면으로 시작된다. 이스의 쌍둥이 여신과
신관들은 백성들을 살몬의 신전 부근으로 모아 마력으로 신전을 떠오르게 했다. 이런 노력에도 불구하고 마물들은 ‘탑’을 만들어
신전은 계속 공격한다. 그런데 이때 엎친데 덮친격으로 갑자기 신전에서 모습을 감추는 쌍둥이 여신.
6명의 신관들은 정예 기사들과
마도사들을 모아 지상으로 여신들을 찾아 나서기로 결정한다. 그러나 기사들과 마도사들이 지상으로 내려가던 도중, 그들은 마물들이
세운 ‘탑’에서 발사된 엄청난 힘에 의해 뿔뿔이 흩어져 추락해버리고 마는데...
게임이 시작되면 주인공인 유니카와 토바는 ‘로다의 나무’에게서 여신의 행방을 듣게 된다.

그런데 놀랍게도 여신들은 스스로
마물들이 세운 ‘탑’에 들어간 것 같다는 것이다.

주인공들은 수색대의 다른 멤버들과 탑 안에서 합류하여, 하늘 높이 솟은 탑
내부의 탐색을 시작하게 된다.